Here's how the notebook \verb$TraditionalHopfStructure@.nb$ works. I started from a copy of the notebook you sent me, the notebook \verb$TraditionalHopfStructure.nb$. In the Mathematica {\it Cell$\to$Cell Tags} I enabled {\em Show Cell Tags}, I selected the whole notebook, removed all the tags that were already there, and added a {\tt pdf} tag to all cells. This tells \verb$Make.nb$ to create PDF files for all the cells and put the instructions to input them into the latex file \verb$TraditionalHopfStructure.tex$.

But then I removed the {\tt pdf} tag from the ``Pensieve header'' cell because there is no need to include it in the resulting document, and I've inserted a text cells with tag {\tt tex} containing the paragraphs you are reading now. \verb$Make.nb$ simply copies cells with tag {\tt tex} into \verb$TraditionalHopfStructure.tex$, so it is easy to interlace latex with Mathematica. There's more information at \url{http://drorbn.net/AP/Projects/nb2tex/nb2tex.pdf}.

\noindent\nbpdfInput{Snips/1.pdf}

\noindent\nbpdfMessage{Snips/2.pdf}

\noindent\nbpdfMessage{Snips/3.pdf}

\noindent\nbpdfMessage{Snips/4.pdf}

\noindent\nbpdfMessage{Snips/5.pdf}

\noindent\nbpdfPrint{Snips/6.pdf}

\noindent\nbpdfInput{Snips/7.pdf}

\noindent\nbpdfInput{Snips/8.pdf}

\noindent\nbpdfOutput{Snips/9.pdf}

\noindent\nbpdfInput{Snips/10.pdf}

\noindent\nbpdfOutput{Snips/11.pdf}

\noindent\nbpdfInput{Snips/12.pdf}

\noindent\nbpdfOutput{Snips/13.pdf}

\noindent\nbpdfInput{Snips/14.pdf}

\noindent\nbpdfOutput{Snips/15.pdf}

\noindent\nbpdfSection{Snips/16.pdf}

\noindent\nbpdfSubsubsection{Snips/17.pdf}

\noindent\nbpdfText{Snips/18.pdf}

\noindent\nbpdfInput{Snips/19.pdf}

\noindent\nbpdfText{Snips/20.pdf}

\noindent\nbpdfInput{Snips/21.pdf}

\noindent\nbpdfText{Snips/22.pdf}

\noindent\nbpdfInput{Snips/23.pdf}

\noindent\nbpdfSubsubsection{Snips/24.pdf}

\noindent\nbpdfText{Snips/25.pdf}

\noindent\nbpdfInput{Snips/26.pdf}

\noindent\nbpdfText{Snips/27.pdf}

\noindent\nbpdfInput{Snips/28.pdf}

\noindent\nbpdfText{Snips/29.pdf}

\noindent\nbpdfInput{Snips/30.pdf}

\noindent\nbpdfText{Snips/31.pdf}

\noindent\nbpdfInput{Snips/32.pdf}

\noindent\nbpdfText{Snips/33.pdf}

\noindent\nbpdfText{Snips/34.pdf}

\noindent\nbpdfInput{Snips/35.pdf}

\noindent\nbpdfText{Snips/36.pdf}

\noindent\nbpdfInput{Snips/37.pdf}

\noindent\nbpdfInput{Snips/38.pdf}

\noindent\nbpdfSubsubsection{Snips/39.pdf}

\noindent\nbpdfInput{Snips/40.pdf}

\noindent\nbpdfSubsubsection{Snips/41.pdf}

\noindent\nbpdfInput{Snips/42.pdf}

\noindent\nbpdfSubsubsection{Snips/43.pdf}

\noindent\nbpdfText{Snips/44.pdf}

\noindent\nbpdfInput{Snips/45.pdf}

\noindent\nbpdfSection{Snips/46.pdf}

\noindent\nbpdfSubsubsection{Snips/47.pdf}

\noindent\nbpdfInput{Snips/48.pdf}

\noindent\nbpdfInput{Snips/49.pdf}

\noindent\nbpdfSubsubsection{Snips/50.pdf}

\noindent\nbpdfInput{Snips/51.pdf}

\noindent\nbpdfInput{Snips/52.pdf}

\noindent\nbpdfText{Snips/53.pdf}

\noindent\nbpdfInput{Snips/54.pdf}

\noindent\nbpdfInput{Snips/55.pdf}

\noindent\nbpdfOutput{Snips/56.pdf}

\noindent\nbpdfInput{Snips/57.pdf}

\noindent\nbpdfOutput{Snips/58.pdf}

\noindent\nbpdfInput{Snips/59.pdf}

\noindent\nbpdfInput{Snips/60.pdf}

\noindent\nbpdfInput{Snips/61.pdf}

\noindent\nbpdfText{Snips/62.pdf}

\noindent\nbpdfInput{Snips/63.pdf}

\noindent\nbpdfInput{Snips/64.pdf}

\noindent\nbpdfText{Snips/65.pdf}

\noindent\nbpdfInput{Snips/66.pdf}

\noindent\nbpdfInput{Snips/67.pdf}

\noindent\nbpdfOutput{Snips/68.pdf}

\noindent\nbpdfOutput{Snips/69.pdf}

\noindent\nbpdfOutput{Snips/70.pdf}

\noindent\nbpdfOutput{Snips/71.pdf}

\noindent\nbpdfInput{Snips/72.pdf}

\noindent\nbpdfOutput{Snips/73.pdf}

\noindent\nbpdfInput{Snips/74.pdf}

\noindent\nbpdfOutput{Snips/75.pdf}

\noindent\nbpdfInput{Snips/76.pdf}

\noindent\nbpdfOutput{Snips/77.pdf}

\noindent\nbpdfInput{Snips/78.pdf}

\noindent\nbpdfOutput{Snips/79.pdf}

\noindent\nbpdfOutput{Snips/80.pdf}

\noindent\nbpdfInput{Snips/81.pdf}

\noindent\nbpdfOutput{Snips/82.pdf}

\noindent\nbpdfOutput{Snips/83.pdf}

\noindent\nbpdfInput{Snips/84.pdf}

\noindent\nbpdfOutput{Snips/85.pdf}

\noindent\nbpdfInput{Snips/86.pdf}

\noindent\nbpdfOutput{Snips/87.pdf}

\noindent\nbpdfInput{Snips/88.pdf}

\noindent\nbpdfOutput{Snips/89.pdf}

\noindent\nbpdfOutput{Snips/90.pdf}

\noindent\nbpdfInput{Snips/91.pdf}

\noindent\nbpdfOutput{Snips/92.pdf}

\noindent\nbpdfInput{Snips/93.pdf}

\noindent\nbpdfOutput{Snips/94.pdf}

\noindent\nbpdfOutput{Snips/95.pdf}

\noindent\nbpdfInput{Snips/96.pdf}

\noindent\nbpdfOutput{Snips/97.pdf}

\noindent\nbpdfSubsubsection{Snips/98.pdf}

\noindent\nbpdfText{Snips/99.pdf}

\noindent\nbpdfInput{Snips/100.pdf}

\noindent\nbpdfOutput{Snips/101.pdf}

\noindent\nbpdfText{Snips/102.pdf}

\noindent\nbpdfInput{Snips/103.pdf}

\noindent\nbpdfOutput{Snips/104.pdf}

\noindent\nbpdfText{Snips/105.pdf}

\noindent\nbpdfInput{Snips/106.pdf}

\noindent\nbpdfOutput{Snips/107.pdf}

\noindent\nbpdfText{Snips/108.pdf}

\noindent\nbpdfInput{Snips/109.pdf}

\noindent\nbpdfOutput{Snips/110.pdf}

\noindent\nbpdfOutput{Snips/111.pdf}

\noindent\nbpdfText{Snips/112.pdf}

\noindent\nbpdfInput{Snips/113.pdf}

\noindent\nbpdfOutput{Snips/114.pdf}

\noindent\nbpdfOutput{Snips/115.pdf}

\noindent\nbpdfOutput{Snips/116.pdf}

\noindent\nbpdfInput{Snips/117.pdf}

\noindent\nbpdfOutput{Snips/118.pdf}

\noindent\nbpdfInput{Snips/119.pdf}

\noindent\nbpdfOutput{Snips/120.pdf}

\noindent\nbpdfOutput{Snips/121.pdf}

\noindent\nbpdfInput{Snips/122.pdf}

\noindent\nbpdfInput{Snips/123.pdf}

\noindent\nbpdfOutput{Snips/124.pdf}

\noindent\nbpdfText{Snips/125.pdf}

\noindent\nbpdfInput{Snips/126.pdf}

\noindent\nbpdfInput{Snips/127.pdf}

\noindent\nbpdfOutput{Snips/128.pdf}

\noindent\nbpdfOutput{Snips/129.pdf}

\noindent\nbpdfOutput{Snips/130.pdf}

\noindent\nbpdfOutput{Snips/131.pdf}

\noindent\nbpdfInput{Snips/132.pdf}

\noindent\nbpdfOutput{Snips/133.pdf}

\noindent\nbpdfOutput{Snips/134.pdf}

\noindent\nbpdfInput{Snips/135.pdf}

\noindent\nbpdfOutput{Snips/136.pdf}

\noindent\nbpdfInput{Snips/137.pdf}

\noindent\nbpdfOutput{Snips/138.pdf}

\noindent\nbpdfInput{Snips/139.pdf}

\noindent\nbpdfInput{Snips/140.pdf}

\noindent\nbpdfOutput{Snips/141.pdf}

\noindent\nbpdfInput{Snips/142.pdf}

\noindent\nbpdfOutput{Snips/143.pdf}

\noindent\nbpdfInput{Snips/144.pdf}

\noindent\nbpdfOutput{Snips/145.pdf}

\noindent\nbpdfInput{Snips/146.pdf}

\noindent\nbpdfOutput{Snips/147.pdf}

\noindent\nbpdfInput{Snips/148.pdf}

\noindent\nbpdfOutput{Snips/149.pdf}

\noindent\nbpdfOutput{Snips/150.pdf}

\noindent\nbpdfInput{Snips/151.pdf}

\noindent\nbpdfOutput{Snips/152.pdf}

\noindent\nbpdfOutput{Snips/153.pdf}

\noindent\nbpdfInput{Snips/154.pdf}

\noindent\nbpdfOutput{Snips/155.pdf}

\noindent\nbpdfOutput{Snips/156.pdf}

\noindent\nbpdfInput{Snips/157.pdf}

\noindent\nbpdfOutput{Snips/158.pdf}

\noindent\nbpdfSubsubsection{Snips/159.pdf}

\noindent\nbpdfInput{Snips/160.pdf}

\noindent\nbpdfInput{Snips/161.pdf}

\noindent\nbpdfInput{Snips/162.pdf}

\noindent\nbpdfOutput{Snips/163.pdf}

\noindent\nbpdfOutput{Snips/164.pdf}

\noindent\nbpdfInput{Snips/165.pdf}

\noindent\nbpdfOutput{Snips/166.pdf}

\noindent\nbpdfOutput{Snips/167.pdf}

\noindent\nbpdfOutput{Snips/168.pdf}

\noindent\nbpdfInput{Snips/169.pdf}

\noindent\nbpdfOutput{Snips/170.pdf}

\noindent\nbpdfInput{Snips/171.pdf}

\noindent\nbpdfOutput{Snips/172.pdf}

\noindent\nbpdfInput{Snips/173.pdf}

\noindent\nbpdfOutput{Snips/174.pdf}

\noindent\nbpdfInput{Snips/175.pdf}

\noindent\nbpdfOutput{Snips/176.pdf}

\noindent\nbpdfOutput{Snips/177.pdf}

\noindent\nbpdfOutput{Snips/178.pdf}

\noindent\nbpdfOutput{Snips/179.pdf}

\noindent\nbpdfOutput{Snips/180.pdf}

\noindent\nbpdfOutput{Snips/181.pdf}

\noindent\nbpdfOutput{Snips/182.pdf}

\noindent\nbpdfOutput{Snips/183.pdf}

\noindent\nbpdfOutput{Snips/184.pdf}

\noindent\nbpdfInput{Snips/185.pdf}

\noindent\nbpdfOutput{Snips/186.pdf}

\noindent\nbpdfInput{Snips/187.pdf}

\noindent\nbpdfInput{Snips/188.pdf}

\noindent\nbpdfInput{Snips/189.pdf}

\noindent\nbpdfInput{Snips/190.pdf}

\noindent\nbpdfMessage{Snips/191.pdf}

\noindent\nbpdfOutput{Snips/192.pdf}

\noindent\nbpdfInput{Snips/193.pdf}

\noindent\nbpdfOutput{Snips/194.pdf}

\noindent\nbpdfInput{Snips/195.pdf}

\noindent\nbpdfOutput{Snips/196.pdf}

\noindent\nbpdfInput{Snips/197.pdf}

\noindent\nbpdfInput{Snips/198.pdf}